Au XIIIe siècle, l'affaiblissement des Almohades profite aux Mérinides. Cette nouvelle dynastie fait de Fès sa capitale en 1250. L'apogée de la ville commence. Les Mérinides veulent donner à Fès une nouvelle dimension. Ils entament la construction d'une ville dans la ville : l'incroyableFès el Jedid comprenant palais royal, jardins, bains, mosquées et casernes, le tout protégé par une enceinte. Les médersas, écoles coraniques, font le prestige de Fès car elles forment les élites religieuses, intellectuelles et politiques. L'age d'or de Fès est aussi une période où le commerce international est florissant. Les échanges avec le Portugal et l'Angleterre, mais aussi l'Inde et le Moyen Orient, se multiplient.
A partir du XVe siècle, Fès va connaître un certain déclin avec la fin des Mérinides. En 1549, les Saadiens s'emparent de Fès mais lui préfèrent Marrakech, conquise 25 ans plus tôt. La chute de la ville s'accélère au XVIIe siècle entre peste, famines et guerres civiles.
La roue tourne en 1666 lorsque le premier souverain de la dynastie Alaouite fait de Fès sa capitale. Le commerce est rétabli et la ville se repeuple. Au XVIIIe siècle, Fès rayonne de nouveau sur les plans religieux et intellectuels notamment grâce à la célèbre et puissante université de la Qaraouiyne, la plus vieille du monde.
Au XIXe siècle, Hassan 1er commence à moderniser la ville. Mais il faudra attendre 1912, date de l'acte du protectorat de Fès, pour que la ville moderne se développe vraiment. Peu après, Fès perd son statut de capitale au profit de Rabat.
En 1980, la ville est classée au patrimoine mondial de l'Unesco.
